Le pays est composé de deux régions distinctes :
La Malaisie occidentale ou Malaisie péninsulaire (au sud de la Thaïlande) est divisée du nord au sud par une longue chaîne montagneuse dont le point culminant se situe à 2 189 m (Mont Tahan) et où subsistent de vastes zones forestières.
La côte ouest est marécageuse et plate, la côte est se compose, au contraire, de longues plages de sable.
Les cultures et plantations sont d'abord situées le long des plaines côtières. Le nord du pays (Perlis et Kedah) est considéré comme le grenier à riz du pays.
La Malaisie orientale est composée des territoires du Sarawak et du Sabah et située au nord de l'Indonésie (Bornéo).
Cette partie représente 15 % de la population sur 60 % du territoire.
Elle est essentiellement composée de forêts tropicales humides et d'un relief assez élevé (mont Kinabalu, 4 100 m).
La Malaisie partage ses frontières terrestres avec le Brunei (381 km), l'Indonésie (1 178 km) et la Thaïlande (506 km), et dispose de 4 675 km de côtes.
Elle est également reliée à Singapour, par deux ponts traversant le détroit de Johor.